《看門狗2》將游戲設定在距離《看門狗》故事發生之后,ctOS由1.0升級成為2.0,同時也獲得了許多功能。然而,ctOS并不是像宣傳的那樣單純只是為市民服務,它被不法公司,團體和個人用來監視市民,收集并出售他們個人的數據,操縱選舉和擾亂社會秩序等等。游戲需要玩家跟隨主人公一點一點進入《看門狗2》的龐大電子世界,揭開并粉碎敵人的陰謀。
《看門狗2》的總監表示,游戲開發團隊想在這一作上嘗試一些新的點子,比如位于舊金山的游戲場景,整體色調更鮮活明亮,再搭配故事的主題、建筑風格、網絡世界以及先進科技。在這樣的架構中,故事風格不適合艾登?皮爾斯,因此讓馬可仕擔任主角來敘述故事是很合適的。